A Unidade de Endoscopia da Santa Casa de Misericórdia de São José do Rio Preto, está localizada a Rua Siqueira Campos, em anexo ao complexo Hospitalar. Possui sala de recepção, onde o paciente poderá agendar seus exames, tirar dúvidas e receber resultados dos procedimentos e biópsias realizada. Conta ainda com sala de recuperação anestésica ampla e duas salas de exames, todas com aparelhos de última geração para dar todo  o suporte necessário e segurança durante a realização dos procedimentos endoscópicos. Para procedimentos de cirurgia endoscópica, possui comunicação junto ao Centro Cirúrgico da Instituição, sendo portanto, realizados em ambiente hospitalar. Para procedimentos que necessitem de radiologia, como próteses endoscópicas e colangiopancreatografia endoscópica (CPRE), a Unidade de Endoscopia possui sala no setor de Hemodinâmica da Santa Casa, equipado com aparelhagem de última geração que propricia alta qualidade para a realização destes procedimentos.